Вследствие движения потока теплого воздуха вверх важное значение приобретает теплоизоляция крыши. Поэтому обычно изоляция крыши значительнее или по крайней мере такая же, как изоляция стен. Ориентировочно термическое сопротивление крыши, по данным некоторых исследователей, должно составлять для кабины-сауны внутри здания — 2,58 м2-К/Вт, для дома-сауны — 2,85—3 м2-К/Вт. Коэффициент теплопередачи обычно должен равняться 0,45—0,65 Вт/(см2-К).

Сауны, находящиеся под открытым небом, как правило, имеют двускатную или односкатную крышу. Под двускатной крышей в большинстве случаев находится перекрытие, состоящее из дерева и изоляционного материала. В перекрытии отсутствует паронепроницаемый слой. Пар удаляется путем проветривания, так же, как при устройстве чердачного помещения.

Сходную по конструкции со стеной панельную односкатную крышу можно непосредственно покрыть гофрированными листами асбестоцемента или алюминия. Гофрированные листы позволяют осуществлять проветривание, точнее отвод пара.

У кабин-саун, располагающихся внутри здания, конструкция крыши и строение ее слоев в большинстве случаев аналогичны конструкции панельной или рамной стены и строению ее слоев. Разница может быть только в толщине изолирующего слоя.

Потолок над печью покрывают асбестовым листом толщиной 4—5 мм, площадью приблизительно 1 м2. Лист выполняет и роль воздушного дефлектора, поэтому его располагают под углом 15—20° в сторону внутренней части сауны.